Dalam tahun 1959, Moshe Dayan bersara daripada perkhidmatan tentera dan menceburi bidang politik. Moshe Dayan menyertai Parti Buruh (Mapai) pimpinan Ben Gurionyang merupakan pergerakan politik berhaluan kiri. Dalam tahun 1959, Moseh Dayan dilantik ke Knesset (Parlimen Israel). Moshe Dayan dilatik menjadi Menteri Pertanian oleh Ben Gurion dari tahun 1959 sehingga tahun 1964.

Dalam athun 1964, Moseh Dayan meletakkan jawatan Menteri Pertanian kerana perselisihan faham dengan Perdana Menteri baru Levi Eshkol. Moshe Dayan menyertai Ben Gurion untuk mengasaskan parti Rafi (Perikatan Pekerja-Pekerja Israel - Alliance of Israel's Workers). Dalam tahun 1965, Moshe Dayan menang kerusi Parlimen Knesset di atas tiket parti Rafi. Parti Rafi kemudiannya menyertai semula Parti Buruh.

Walaupun Perdana Menteri Levi Eshkol tidak sukakan Moshe Dayan secara peribadi, Levi Eshkol memerlukan pengaruh dan sokongan popular terhadap Moshe Dayan. Dalam tahun 1967, Moshe Dayan dilantik oleh Levi Eshkol menjadi Menteri Pertahanan supaya moral orang ramai dapat ditingkatkan dan membolehkan sokongan kepada parti pimpinannya bertambah dengan wujudnya satu kerajaan perpaduan.